MedComs kommuneprojekter er ved at være et omfattende område, da flere kommunale områder ønsker en digitalisering af kommunikationen med samarbejdsparter indenfor sundhedsvæsnet. 

Kommuneprojektet i MedCom 6 er delt op i følgende underområder:

• Hjemmepleje-sygehus-lægepraksis-apotek 
  MedCom arbejder med tilpasning af eksisterende sygehus-kommunestandarder, således at der kommer større fokus på forløb og varsling, da sundhedsaftalerne mellem regioner og kommuner har ændret kommunikationsbehovet. Praktiserende læger ønsker at kommunikere med hjemmeplejen.
           
• Social- og arbejdsmarkedsområdet 
  Kommunikation af LÆ-blanketter mellem kommunernes Social- og Arbejdsmarkedsområde og de alment praktiserende læger.
            
• Standard for genoptræningsplan 
  MedCom har i samarbejde med pilotregioner og pilotkommuner i perioden 2006-2008 udarbejdet en kommunikationsstandard for genoptræningsplaner. Standarden giver mulighed for at sende genoptræningsplaner elektronisk mellem fagsystemer. 
        
• Henvisning til kommunal forebyggelse 
  KL og MedCom samarbejder om at få udviklet en henvisning fra praktiserende læger til kommunale forebyggelsestilbud.
          
• Børneområdet
  Elektronisk fødselsanmeldelse til kommunal sundhedstjeneste og indberetning til børnedatabasen.